Оправдательный приговор в советском уголовном процессе : Автореферат дис. на соискание ученой степени кандидата юридических наук. (12.00.08) / Казан. гос. ун-т им. В. И. Ульянова-Ленина. — Казань, 1974.
Эффективность приговора в советском уголовном процессе : Учебное пособие. — Уфа : БГУ, 1980. — 79 с.
Эффективность приговора в советском уголовном процессе : Вопросы теории и практики / Под ред. М. С. Брайнина. — Саратов : Изд-во Сарат. ун-та, 1982. — 182 с.
М. Маликовтың башҡа хеҙмәттәре
Они всегда рядом : Об опыте работы общественных пунктов охраны порядка Башкирской АССР. — Уфа : Башк. кн. изд-во, 1983. — 94 с.
Оценка доказательств в правоприменительной деятельности. — Уфа : БГУ, 1984. — 73 с.
Проблемы судебного приговора. — Уфа : Башк. кн. изд-во, 1987. — 126 с.
Проблемы реализации права. — Иркутск : Изд-во Иркут. ун-та, 1988. — 138 с.
История становления государственно-правовых учреждений Башкирии (1917—1924 гг.) / Учебное пособие. — Уфа: БГУ, 1989. — 84 с.
Методология изучения судебного приговора / Науч. ред. В. И. Басков. — Уфа : Башк. кн. изд-во, 1990. — 318 с.
Процессуальные средства реализации права : (Теоретические и методологические проблемы) : автореферат дис. … доктора юридических наук : 12.00.01, 12.00.08 / Ин-т философии и права им. И. М. Муминова. — Ташкент, 1991. — 57 с.
Проблемы реализации суверенитета Республики Башкортостан. Очерки. Документы. Нормативные акты. Хроника. Материалы к изучению курсов «Конституционное право Республики Башкортостан», «История государства и права Республики Башкортостан», «История Башкортостана». В 3-х томах. Автор-составитель. — Уфа: БашГУ, 1999.
Теоретические основы государственной власти и самоуправления (автор-составитель). Сборник научных трудов в 8-ми томах / Автор-составитель. — Стерлитамак, 2000.
Учебно-методический комплекс конституционного права Российской Федерации. В 2-х частях. — Уфа: БашГУ, 2000.
Региональное право: Учебное пособие. В 3-х томах. Т. 1. Теоретические и методологические основы. — Уфа: Изд-е Башкирск. ун-та, 2002. — 380 с.
Региональное право: Учебное пособие. В 5-ти томах. Т. 2. Признаки и принципы регионального права. — Уфа: Изд-е Башкирск. ун-та, 2002. — 376с.
Региональное право: Учебное пособие. В 5-ти томах. Т. 3. Пути совершенствования регионального законодательства. — Уфа: Изд-е Башкирск. ун-та, 2002. — 306 с.
Региональное право: Учебное пособие. В 5-ти томах. Т. 4. Региональное управление и правотворчество. — Уфа: Изд-е Башкирск. ун-та, 2002. — 320с.
Региональное право: Учебное пособие. В 5-ти томах. Т. 5. Реализация регионального права. — Уфа: Изд-е Башкирск. ун-та, 2002. — 258с.
Фаткуллин Ф. Н., Фаткуллин Ф. Ф., Маликов М. Ф. Теоретические основы реализации права: Монография. — Уфа: РИО БашГУ, 2003. — 244 с.
Основы конституционного права Российской Федерации: Учебное пособие. — Уфа: РИО БашГУ, 2003. — 240 с.
Правовые основы российского федерализма (автор-составитель).- Уфа: РИО БашГУ, 2004. — 778 с.
Система науки конституционного права: Организационно-методическое пособие. — Уфа: РИО БашГУ, 2005. — 377 с.
Методология изучения реализации государственной молодежной политики Республики Башкортостан. Монография. — Уфа: БашГУ, 2007. — 160 с.
Современные проблемы конституционного права Российской Федерации: курс лекций. — 2-е изд., испр. и доп. — Уфа: ДизайнПресс, 2011. — 321 с.
Механизм согласования федерального и регионального законодательства. Комплексное научно-правовое исследование. В 5-частях. Ч. 1: Методология изучения механизма согласования федерального и регионального законодательства. — Уфа: Гилем, 2008. − 136 с.
Механизм согласования федерального и регионального законодательства. Часть 2. Совершенствование государственности Республики Башкортостан: Учебно-практическое пособие. — Уфа: БашГУ, 2009. — 340 с.
Механизм согласования федерального и регионального законодательства. Часть 3. Современные проблемы конституционного права Республики Башкортостан. Монография. — Уфа: Китап, 2009. — 396 с.
Маликов М. Ф., Минеев Е. М. Механизм согласования федерального и регионального законодательства. Комплексное научно-правовое исследование. Часть 4. * Двухуровневое правовое регулирование в Российской Федерации: конституционно-правовые основы. Монография. — Уфа: «Гилем» 2010. — 215 с.
Механизм согласования федерального и регионального законодательства. Комплексное научно-правовое исследование. Часть 5: Конституционное законодательство Республики Башкортостан. Выводы и предложения по результатам мониторинга. — Уфа: АН РБ, Гилем, 2011. — 136 с.
Истоки познания. Том. 1: Социально-политические очерки. Издание второе, дополненное и переработанное. Изд. 2-е, доп. и перераб. — Уфа: Гилем АН РБ, 2012. — 288 с.
Истоки познания. Том 2: Концепция государственной власти и самоуправления в современной России. Изд. 3-е, испр. и доп. — Уфа: АН РБ, Гилем, 2012. — 378 с.
Истоки познания. Том 3: Гносеологические основы реализации права. Изд. 4-е, перераб. и доп. — Уфа: АН РБ, Гилем, 2012. — 240 с.
Истоки познания. Т. 4: Генетические основы регионального права: по материалам Республики Башкортостан. Изд. 8-е, перераб. и доп. — Уфа: АН РБ, Гилем, 2012. — 460 с.
